| 路線 | フライト数 |
|---|---|
| 石垣空港 → 那覇空港 | 152 |
| 石垣空港 → 関西国際空港 | 41 |
| 石垣空港 → 東京国際空港（羽田） | 34 |
| 石垣空港 → 中部国際空港（セントレア） | 17 |
| 石垣空港 → 成田国際空港 | 16 |
| 石垣空港 → 宮古空港 | 16 |
| 石垣空港 → 福岡空港 | 8 |
| 石垣空港 → 下地島空港 | 1 |
| 路線 | フライト数 |
|---|---|
| 那覇空港 → 石垣空港 | 150 |
| 関西国際空港 → 石垣空港 | 40 |
| 東京国際空港（羽田） → 石垣空港 | 33 |
| 中部国際空港（セントレア） → 石垣空港 | 17 |
| 成田国際空港 → 石垣空港 | 16 |
| 宮古空港 → 石垣空港 | 16 |
| 福岡空港 → 石垣空港 | 8 |